ABC Kinetics

This page is read only. You can view the source, but not change it. Ask your administrator if you think this is wrong.
====== Classes ======
  * [[.:schema:|Schema]]
  * [[.:schema_instance:|SchemaInstance]]
  * [[.:expr:|Expression]]
  * [[.:parsed_expr:|Parsed Expression]]


===== Schema =====

Для эффективной работы модуля интегрирования дифф.ур-ний нам нужно особое представление схемы процесса (//encoding//). Так как в алгоритме интегрирования используются векторы (С-массивы) для значений концентраций (а также их производных по времени), удобно как минимум перед началом интегрирования иметь код схемы, содержащий целочисленные индексы, соответствующие реагентам схемы. Для констант скорости и других параметров такого жёсткого требования не возникает.

Таким образом, вместо ассоциативного контейнера для хранения информации о реагентах придётся (?) использовать некоторую совокупность векторов: вектор имён, 

В качестве основного положения выберем, что схема процесса (//Schema//) задаёт конкретный набор дифф.ур-ний относительно концентраций реагентов процесса((они являются переменными интегрирования)), а её варианты/инстанциации (//SchemaInstance//) задают конкретные значения констант элементарных реакций и начальные значения концентраций реагентов. 

Мы принимаем, что значения параметров процесса (константы скоростей, начальные концентрации реагентов и др.) могут задаваться на 3-х уровнях иерархии: локально, как параметры //SchemaInstance//, глобально, на уровне //Schema//, что упрощает параметризацию моделирования процесса большим набором вариантов //SchemaInstance//. Третий уровань, "суперглобальные" параметры, обсудим позже.

Кодирование схемы желательно проводить именно на её уровне (//Schema//), а не ниже. Тут и возникает необходимость предствления набора реагентов как векторов (С-массивов), поскольку именно так будут представлены концентрации реагентов в алгоритме интегрирования. Алгоритм интегрирования будет использовать собственные массивы плюс кодировку схемы для динамического вычисления вектора производных (а также и Якобиана этой системы ур-ний; см. [[..:gear|Алгоритм интегрирования]]). Для эффективности такого вычисления в кодировке схемы реагенты должны быть представлены соответствующими индексами элементов С-массивов. Хотя возможен подход //remapping//, т.е. организация косвенной адресации в связке "//код схемы//" -- "//массивы значений переменных интегрирования//".